16 stycznia 2012 roku Naczelny Sąd Administracyjny podjął w składzie siedmiu sędziów, uchwałę dotyczącą zasad opodatkowania akcjonariuszy w spółce komandytowo - akcyjnej (sygn. akt: II FPS 1/11). Jest to bardzo istotne orzeczenie, które wprowadza nowe, korzystne dla podatników zasady kwalifikacji podatkowej przychodów uzyskiwanych przez akcjonariuszy spółki komandytowo - akcyjnej.

Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, iż przychód akcjonariusza spółki komandytowo-akcyjnej nie będącego komplementariuszem z tytułu dywidendy wypłaconej na podstawie uchwały walnego zgromadzenia o podziale zysku podlega opodatkowaniu w dniu faktycznego otrzymania dywidendy. Przychodem akcjonariusza spółki komandytowo-akcyjnej z tytułu posiadanych udziałów w tej spółce są bowiem środki pieniężne lub wartości pieniężne otrzymywane w wyniku podziału zysku, a więc przychód w rozumieniu art. 12 ust 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Przychód ten podlega opodatkowaniu dopiero w momencie faktycznej wypłaty z zysku zgodnie z art. 12 ust 1 pkt 1 tej ustawy. Może to nastąpić po zamknięciu roku obrotowego, a także w trakcie roku obrotowego w przypadku wypłaty zaliczki na poczet wypłaty z zysku. W takim wypadku akcjonariusz spółki komandytowo-akcyjnej obowiązany jest na podstawie art. 5 ust 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych przychody z udziału w spółce komandytowo-akcyjnej połączyć z innymi swymi przychodami. Następnie na podstawie art. 25 ust 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych obowiązany jest on uiścić zaliczkę na podatek dochodowy z tytułu otrzymanego przychodu ze spółki za miesiąc, w którym otrzymał wypłatę z zysku.

Natomiast powstanie przychodu należnego w rozumieniu art. 12 ust 3 ustawy o podatku dochodowy od osób prawnych, lecz jeszcze nie wypłaconego nie rodzi skutków w postaci obowiązku odprowadzania zaliczek z tytułu prawa do udziału w zysku akcjonariusza, gdyż przychody te nie są wynikiem prowadzonej działalności gospodarczej. Przychód (dochód) potencjalnie związany z posiadaniem akcji w spółkach komandytowo-akcyjnych nie podlega więc opodatkowaniu w ciągu roku obrotowego, poprzez ustalanie co miesiąc dochodu przypadającego na akcjonariusza i zapłatę zaliczek miesięcznych na podatek dochodowy od osób prawnych.

Powyższa uchwała powinna przełożyć się na zmianę podejścia organów podatkowych do zasad opodatkowania po stronie akcjonariuszy kwot uzyskiwanych przez nich tytułem wypłaty zysku ze spółki komandytowo - akcyjnej. Do tej pory bowiem organy podatkowe stały na stanowisku, iż akcjonariusz powinien rozliczać swoje udziały w spółce komandytowo - akcyjnej jako przychody należne z działalności gospodarczej, a koszty ponoszone przez spółkę komandytowo - akcyjną jako koszty uzyskania przychodu, z uwzględnieniem wyłączeń statuowanych przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Wypłata natomiast przez spółkę udziału w zysku, po zatwierdzeniu sprawozdania, kwalifikowana była jako zdarzenie nie wywołujące skutków podatkowych. Obecnie taka kwalifikacja jest niedopuszczalna.

Przedmiotowa uchwała stanowi potwierdzenie, iż spółka komandytowo - akcyjna jest atrakcyjnym narzędziem kreowania strategii optymalizacyjnych w grupach kapitałowych, stanowiąc alternatywę dla uregulowanych w ustawach podatkowych grup kapitałowych. W przeciwieństwie bowiem do podatkowej grupy kapitałowej, wykorzystanie w transakcjach kapitałowych formy prawnej spółki komandytowo - akcyjnej nie wymaga spełnienia żadnych warunków formalno - podatkowych, a może doprowadzić do podatkowej "konsolidacji rozliczeń podatkowych" w grupie niezależnych prawnie podmiotów.